Entre los Milesios y los Pitagóricos encontramos a Alcmeón de Crotona quien fue contemporáneo de Empédocles y Anaxágoras. Aunque, en general, se le clasifica entre los pitagóricos, no es seguro que fuera miembro de dicha escuela, y algunos autores le hacen más bien partícipe de las opiniones de los Milesios. En cualquier caso, es seguro que era miembro de la famosa escuela de medicina de Crotona, que en aquella época ya había dado otra gran figura como lo fue Demécedes.
Como médico tuvo una gran influencia y aunó el espíritu empírico y crítico de la escuela jonia, con la tendencia especulativa de los pitagóricos. Fue el primero entre los griegos en diseccionar cadáveres, con lo que pudo observar la constitución de diversos órganos sensoriales de igual forma fue el primero en hacer una disección científica de un ojo, lo que le permitió observar los nervios que lo enlazan con el cerebro. Por ello, fue también el primero en hablar de la función integradora del cerebro en las sensaciones, dándole a este órgano el control sobre la vida psíquica. Concibió la salud como una isonomía, o equilibrio armónico de las cualidades que integran el cuerpo, mientras que la enfermedad es la monarquía o dominio patológico de uno de estos elementos o humores (Hirschberger, 1997).
Su pensamiento referente al saber divino y saber humano consiste en la contraposición de lo visible y lo invisible. Sitúa al hombre, entre los animales y la divinidad. Los dioses son los únicos que pueden conocer lo que él llama invisible y los hombres sólo lo visible. Alcmeón ofrece un camino para conocer lo invisible a partir de lo visible, es decir, la deducción a partir de ciertos datos mediante un proceso analítico y metódico. Se basa en el examen de las percepciones de los sentidos y de la inteligencia. Él cree que la percepción sensible es común a los hombres y a los animales y que la inteligencia sólo lo es del hombre. Así distingue tres conocimientos distintos de naturaleza distinta: los animales sólo captan las apariencias, la divinidad capta lo invisible y el hombre, mediante las percepciones sensibles, puede deducir lo invisible.
